Ich würde Docker und VM deaktivieren, alle Plugins aktualisieren, VFIO Plugin deinstallieren und dann ein Backup vom Stick und der SSD machen und dann erst das Update installieren. Damit ist sichergestellt, dass während dem Update keine Prozesse laufen, die zB Daten im RAM liegen haben. Das kann ja auch bei Docker der Fall sein. zB hat jemand das Problem gehabt, dass nach dem Update kein Docker Container mehr da war. Das ist ja bekanntlich immer dann der Fall, wenn das docker.img korrumpiert. Ist natürlich kein wirkliches Problem, da alle Container über Apps -> Previous Apps wiederhergestellt werden können, trotzdem erspart man sich eben diesen Ärger, wenn vorher alles gestoppt wird.
Ich habe zusätzlich noch die Diagnose-Dateien vor dem Update erstellt. Einfach falls man später Fehlermeldungen hat und vergleichen möchte, ob die vorher auch schon da waren.