Ich würde zwar grundsätzlich raten ein Linux Dateisystem zu nehmen, um Sicherungen von Linuxsystemen zu machen, aber wenn ich das bei Duplicati richtig sehe, werden sie Dateien der Sicherung eh in ein eigenes Archiv Format gepackt, so dass man in den Einstellungen zur Sicherung nur die entsprechenden Haken setzen muss, damit auch die Dateirechte erhalten bleiben.
Die Platte solltest du aber nicht ins Array aufnehmen. Bzw. wenn es bei ntfs bleiben soll ginge das ohne hin nicht.
Und andererseits willst du ja eine Sicherung machen von Dateien, welche wahrscheinlich eh schon auf dem Array liegen, da würdest du dann nur waherscheinlich in einer Endlosschleife landen.
Daher die Backup Platte als unassigend Device betreiben.