Das ist der Grund warum die Daten doppelt sind. Yes heißt, dass er die Daten aufs Array verschieben soll und Only heißt, dass er nicht mehr auf das Array schauen darf. Und da bereits auf das Array verschoben wurde, werden alle Docker auf dem Cache neu installiert.
Fazit: Alle deine Container sind bereits korrupt bzw wenn du jetzt mit Only klar kommst, solltest du mit "rm -r /mnt/diskX/appdata/*" alle Daten auf allen betroffenen Array Disks entfernen.
Und natürlich niemals einfach die Cache Einstellung im laufenden Betrieb ändern. Und schon gar nicht in eine Einstellung, die deine Container zerschießt.
Aus dem Grund sage ich es immer wieder: Only und No ist nichts für Anfänger. Mit Yes und Prefer, also den Standard-Einstellungen von Unraid, passiert sowas nicht.