Ich hatte das auch gerade wegen atop. Allerdings hat der Holzhammer nicht geholfen bzw war falsch. Denn ich habe einfach das gemacht:
rm /var/log/atop/*
Danach habe ich atop aus dem Nerd-Pack gelöscht und trotzdem zeigte er mir im Dashboard fast 100% volle Logs an. Daraufhin habe ich das untersucht und festgestellt, dass ich wohl atop aufgehangen habe, in dem ich einfach die Dateien gelöscht habe, während es noch lief. Erst als ich den Prozess gekillt habe, wurden der Speicherplatz wirklich erst freigegeben:
root@thoth:~# df -h | grep /var/log
tmpfs 128M 122M 6.2M 96% /var/log
root@thoth:~# find /proc/*/fd -ls | grep deleted
79658297 0 l-wx------ 1 root root 64 Oct 5 19:38 /proc/26741/fd/1 -> /var/log/atop/daily.log\ (deleted)
79658298 0 l-wx------ 1 root root 64 Oct 5 19:38 /proc/26741/fd/2 -> /var/log/atop/daily.log\ (deleted)
79658300 0 l-wx------ 1 root root 64 Oct 5 19:38 /proc/26741/fd/4 -> /var/log/atop/atop_20210914\ (deleted)
root@thoth:~# lsof | grep deleted
atop 26741 root txt REG 0,2 206392 7411 /usr/bin/atop (deleted)
atop 26741 root 1w REG 0,35 0 44 /var/log/atop/daily.log (deleted)
atop 26741 root 2w REG 0,35 0 44 /var/log/atop/daily.log (deleted)
atop 26741 root 4w REG 0,35 116779649 71 /var/log/atop/atop_20210914 (deleted)
^C
root@thoth:~# pkill atop
root@thoth:~# lsof | grep deleted
^C
root@thoth:~# df -h | grep /var/log
tmpfs 128M 11M 118M 9% /var/log
root@thoth:~#