Du startest im Array mit der einen Platte. Wenn du sie befüllt hast, hast du ja bereits 50% der Daten von der Syno gezogen. Nachdem das durch ist, baust du die anderen Platten ein, gehst auf Tools > New Config und weist die bisherige Array Platte wieder dem Slot zu, wo sie vorher war (nicht als Parität, sonst Daten weg!). Von den neuen nimmst du eine als Parität und eine für als Disk2. Jetzt hat dein Array eine Ausfallschutz.
Bedenke, dass die größte Disk als Parität gewählt werden muss.
Übrigens verstehe ich nicht, warum du erst eine Disk aus der Syno rausnehmen willst, kopierst und dann eine Sicherung auf die USB Platte machen willst. Die Größe des SHR ändert sich nicht, wenn du eine Platte entfernst. Das ist dir klar?