Nö, beim start wird UNRAID mit den configs vom Stick in den RAM geladen. Alle Änderungen werden jedoch (zwangsläufig) auf den Stick geschrieben.
Deswegen wird ua empfohlen KEINE USB3 Sticks zu nehmen, sondern nur USB2. Oder zumindest den Stick dann in einen USB2 Port zu stecken. Dann ist die Gefahr deutlich niedriger, dass der Stick womöglich überhitzt.